연말정산 의료비 세액공제, 총급여 3% 기준과 공제율·한도 정리

 

2026년 10월 28일 기준 · 연말정산

3줄 요약

• 의료비 세액공제는 1년 동안 쓴 의료비 중 총급여의 3%를 넘는 금액에 대해 15%를 세금에서 빼 주는 제도예요(미숙아·선천성이상아 20%, 난임시술비 30%).
• 부양가족 일반 의료비는 연 700만 원 한도가 있지만, 본인·65세 이상·장애인·6세 이하 자녀·산정특례자 의료비는 한도가 없어요.
• 실손보험금으로 돌려받은 금액, 미용·성형, 보약 같은 건강증진 의약품, 간병인 비용은 공제 대상이 아니니 간소화 자료를 그대로 믿지 말고 한 번 더 확인하세요.

의료비 세액공제란?

의료비 세액공제는 근로자가 본인과 기본공제 대상 가족을 위해 쓴 병원비·약값 등의 일부를 결정세액에서 직접 빼 주는 연말정산 항목이에요. 소득에서 빼는 소득공제와 달리 세금 자체를 줄여 주기 때문에, 큰 수술이나 출산·난임 치료가 있었던 해에는 환급액 차이가 꽤 커질 수 있어요.

다만 쓴 돈 전부가 공제되는 것은 아니에요. 총급여의 3%까지는 누구나 쓰는 기본 의료비로 보고, 그 문턱을 넘은 금액부터 공제를 받을 수 있어요. 그래서 연말이 다가오면 지금까지 쓴 의료비가 3%를 넘었는지 먼저 계산해 보는 것이 순서예요. 국세청은 매년 10월 말에서 11월 초 사이 홈택스에 연말정산 미리보기 서비스를 열어 왔으니(2023년 10월 31일, 2025년 11월 5일 개통), 올해 일정이 공지되면 함께 활용해 보세요.

항목	내용 (2026년 귀속, 2027년 1월 연말정산 기준 현행 규정)
공제 문턱	총급여의 3%를 넘는 의료비부터 공제
기본 공제율	15%
미숙아·선천성이상아 의료비	20%, 한도 없음
난임시술비	30%, 한도 없음
한도	부양가족 일반 의료비 연 700만 원. 본인·65세 이상·장애인·6세 이하·건강보험 산정특례자는 한도 없음
산후조리원	출산 1회당 200만 원까지, 총급여 요건 없음
안경·콘택트렌즈	시력보정용, 1인당 연 50만 원까지
신청처	회사 연말정산(홈택스 편리한 연말정산 또는 회사 양식), 놓치면 5월 종합소득세 신고·경정청구

누가 해당되나요?

근로소득이 있는 근로자가 본인, 배우자, 부양가족을 위해 쓴 의료비가 대상이에요. 의료비 공제에서 가장 많이 놓치는 부분은 가족의 나이·소득 요건이에요. 의료비는 다른 공제와 달리 가족의 나이와 소득을 따지지 않기 때문에, 소득이 100만 원을 넘어 기본공제를 못 받는 부모님이나 배우자를 위해 근로자가 낸 의료비도 공제받을 수 있어요.

• 본인: 금액 한도 없이 3% 초과분의 15%
• 65세 이상 부모님·장애인 가족: 한도 없음
• 6세 이하 자녀: 한도 없음
• 그 밖의 부양가족(20대 자녀, 60대 초반 부모님 등): 연 700만 원 한도
• 소득 요건을 넘는 가족: 기본공제는 안 돼도, 근로자가 그 가족을 위해 지출한 의료비는 공제 가능

공제는 실제로 돈을 낸 근로자가 받는 구조예요. 같은 부모님 의료비를 형제 여럿이 나눠 냈다면 각자 낸 만큼 따로 공제받는 것이 아니라, 국세청 안내처럼 그 부모님을 기본공제 대상으로 올린 사람이 받는 것을 기준으로 미리 정리해 두는 편이 깔끔해요.

신청(신고) 방법

1. 지출액 정리: 지금까지 병원·약국에서 쓴 금액을 가족별로 모아요. 카드 앱이나 홈택스 현금영수증 내역으로 대략 확인할 수 있어요.
2. 3% 문턱 계산: 올해 예상 총급여에 3%를 곱해요. 예를 들어 총급여 4,000만 원이면 120만 원이 문턱이에요.
3. 간소화 자료 조회: 매년 1월 홈택스(손택스) 연말정산 간소화 서비스에서 의료비 자료를 내려받아요. 성인 가족은 홈택스에서 자료 제공 동의를 해 줘야 근로자가 조회할 수 있어요.
4. 빠진 자료 챙기기: 안경점·산후조리원·일부 의료기관은 간소화 자료에 나오지 않을 수 있어요. 사용자 이름, 금액, 사업자 정보가 적힌 영수증을 받아 회사에 내요.
5. 실손보험금 확인: 그해 받은 실손의료보험금을 확인해 의료비에서 빼요. 간소화 자료에 반영된 금액이 실제와 다르면 보험사 지급 내역으로 맞춰요.
6. 제출: 회사가 정한 방식으로 소득·세액공제신고서와 의료비지급명세서를 내요. 회사 정산 때 빠뜨렸다면 5월 종합소득세 신고나 경정청구로 바로잡을 수 있어요.

상황별로 이렇게 하세요

의료비는 지출한 사람, 받은 보험금, 결제 수단에 따라 공제 금액이 달라져요. 자주 생기는 상황을 정리했어요.

이런 경우	이렇게 하면 돼요
총급여 4,000만 원, 본인 의료비 300만 원	문턱 120만 원을 뺀 180만 원의 15%인 27만 원이 세액공제 금액이에요.
난임 시술을 받았어요	난임시술비는 30% 공제율에 한도가 없어요. 시술비가 간소화 자료에 난임시술비로 구분돼 있는지 확인하세요.
실손보험으로 병원비 일부를 돌려받았어요	받은 보험금만큼 의료비에서 빼야 해요. 빼지 않고 공제받으면 나중에 덜 낸 세금과 가산세를 낼 수 있어요.
출산 후 산후조리원을 이용했어요	출산 1회당 200만 원까지 의료비에 넣을 수 있어요. 국민행복카드 같은 정부 바우처로 결제한 금액은 제외해요.
소득이 있어 기본공제를 못 받는 부모님 병원비를 냈어요	근로자가 실제로 냈다면 의료비 공제는 가능해요. 부모님이 65세 이상이면 한도도 없어요.

헷갈리기 쉬운 점

간소화 서비스에 나온 의료비 금액은 의료기관이 낸 자료라서 공제 대상이 아닌 지출이 섞여 있거나, 반대로 빠진 지출이 있을 수 있어요. 국세청은 다음 비용을 의료비 공제 대상에서 제외한다고 안내하고 있어요.

• 미용·성형 수술비와 보약 같은 건강증진 의약품 구입비
• 외국 의료기관에서 지출한 의료비
• 보험회사에서 받은 실손의료보험금 해당액
• 국민건강보험공단에서 돌려받은 본인부담상한제 사후환급금
• 간병인에게 지급한 비용

또 3% 문턱은 가족 전체 의료비를 합쳐서 한 번만 적용돼요. 그래서 맞벌이 부부는 의료비를 총급여가 적은 쪽으로 모으면 문턱을 넘기기 쉬운 경우가 많지만, 결정세액이 거의 없는 쪽에 몰면 공제받을 세금이 없을 수 있으니 미리보기로 양쪽을 비교해 보는 것이 좋아요.

자주 묻는 질문

Q. 의료비가 총급여 3%를 못 넘으면 아예 공제를 못 받나요?

네. 3% 이하 금액은 의료비 세액공제를 받을 수 없어요. 연말까지 예정된 치료나 검사가 있다면 올해 안에 쓰는지, 내년으로 넘어가는지에 따라 문턱을 넘는지가 달라질 수 있으니 지출 시기를 함께 따져 보세요.

Q. 20살이 넘은 자녀 병원비도 공제되나요?

의료비는 나이 요건을 보지 않기 때문에 근로자가 낸 자녀 병원비는 공제 대상이에요. 다만 6세 이하가 아니므로 부양가족 일반 의료비로 보아 연 700만 원 한도가 적용돼요.

Q. 안경 값은 간소화 자료에 안 보이는데 어떻게 하나요?

시력보정용 안경·콘택트렌즈는 1인당 연 50만 원까지 의료비에 넣을 수 있어요. 간소화 자료에 없다면 안경점에서 사용자 이름과 시력교정용이라는 내용, 금액이 적힌 영수증을 받아 회사에 제출하세요.

Q. 작년에 빠뜨린 난임시술비도 돌려받을 수 있나요?

법정신고기한부터 5년 안이라면 홈택스 경정청구로 다시 공제받을 수 있어요. 해당 연도 의료비 영수증과 실손보험금 수령 내역을 함께 준비하면 처리가 빨라요.

체크리스트

• 올해 예상 총급여의 3%를 계산하고, 가족 전체 의료비가 그 금액을 넘었는지 확인
• 65세 이상·장애인·6세 이하·난임·미숙아 등 한도 없는 의료비를 따로 구분
• 실손보험금 수령액과 정부 바우처 결제분을 빼고 공제 금액 계산
• 안경·산후조리원처럼 간소화 자료에 없을 수 있는 영수증 미리 받아 두기

공식 안내: 국세청 — 연말정산 종합 안내 (nts.go.kr), 국세청 — 편리한 연말정산 이용방법 (nts.go.kr)

참고 자료 (작성 기준일 2026년 10월 28일)

• 국세청·정책브리핑 — 자주 묻는 연말정산 ⑤ 의료비 세액공제 제외 항목 (2024년 11월 21일)
• 국세청·정책브리핑 — 2022년 세법 개정: 난임시술비 30%, 미숙아·선천성이상아 20% (2021년 12월 16일)
• 뉴시스 — 달라진 연말정산: 6세 이하 의료비 한도 폐지, 산후조리원 소득요건 폐지 (2025년 1월 6일)
• 서울신문 — 산후조리원 의료비 공제 한도와 총급여 3% 기준 (2026년 8월 10일)
• 헤럴드경제 — 의료비 항목별 공제율·한도와 실손보험금 차감 (2025년 12월 23일)
• 이데일리·일간NTN — 국세청 연말정산 미리보기 개통 (2023년 10월 31일, 2025년 11월 5일)

※ 세법과 기준 금액은 해마다 바뀔 수 있으니 신청·신고 전 국세청 안내를 확인하세요. 궁금한 점은 국세청 상담센터 ☎ 126에서 물어볼 수 있어요.